Чтобы облегчить задачу осознания себя божеством, обучение разделено на несколько этапов. Прежде всего следует не просто представить себя всего божеством, но расчленить свой организм на некий психофизиологический континуум, состоящий, скажем, из ног, рук, мыслей, планов, воспоминаний, т.е. всего того, что образует гармоничную и духовную личность. А затем каждой части следует приписать божественный характер. По тибетским медицинским представлениям, человек состоит из пяти компонентов: земли (твердая материя, в частности кости), вод (флюиды, кровь, моча), огня (жара), ветры (внутренние обменные процессы) и пространства (пустые места). Человек в процессе медитации представляет, что шесть органов чувств - нос, уши, глаза, язык, тело, а также все, что они воспринимают в мире, т.е. звуки, запахи, цвета, также божественны. Каждый этап инициации очищает определенную область либо нашего организма, либо нашего сознания, либо всей жизни. Божественность, ощущение света святости должно наполнять все то, к чему прикасается мысль или тело последователя Калачакры. Первая, самая ранняя, водная инициация очищает пять составляющих, т.е. землю, воды, огонь, ветер и пространство. Следующая "инициация короны" очищает пять состояний - формы, чувства, умение тонко различать составляющие факторы и сознание. Инициация шелковой ленты очищает девять ветров, т.е. девять компонентов внешнего мира. Инициация ваджры (буддийского знака в виде пучка молний) и колокольчика очищает левый и правый энергетические каналы тела. Инициация поведения очищает шесть органов чувств - глаза, нос, уши, язык, тело и возможность духовных ощущений, а также соотносящиеся с ними объекты. Инициация имени очищает шесть функций - рот, руки, ноги, анус, мочеиспускание и детородную функцию и то, что соотносится с ними.